首先，企業繳納的土地增值稅通過“應交稅費——應交土地增值稅”科目核算，但對方科目因房地產用途及轉讓主體不同，一般記入“稅金及附加”、“固定資產清理”和“資產處置損益”等科目。企業實際繳納土地增值稅時，借記“應交稅費——應交土地增值稅”科目，貸記“銀行存款”科目。

1.一般工商企業轉讓土地使用權連同地上建筑物及其附著物一并在“固定資產”科目核算的，轉讓時應繳納的土地增值稅作這處置固定資產過程中發生的一項費用，記入“固定資產清理”科目。

借：固定資產清理

貸：應交稅費——一應交土地增值稅

2.一般工商企業轉讓作為無形資產核算的土地使用權應繳納的土地增值稅，在“資產處置損益”科目核算。轉讓土地使用權時，按實際收到的金額扣除無形資產的賬面價值和應繳納的土地增值稅、增值稅和附加后，轉讓損益記入“資產處置損益”科目。

借：銀行存款

累計攤銷

無形資產減值準備

貸：無形資產

應交稅費——應交增值稅

應交稅費——應交城市維護建設稅

應交稅費——應交教育費附加

應交稅費——應交土地增值稅

資產處置損益

3.一般工產企業轉讓投資性房地產應繳納的土地增值稅等稅費，記入”稅金及附加“科目。

借：稅金及附加

貸：應交稅費——應交增值稅

應交稅費——應交城市維護建設稅

應交稅費——應交教育費附加

應交稅費——應交土地增值稅

4.房地產開發企業銷售自行開發建造的商品房時，應將確認的應繳納的土地增值稅記入”稅金及附加“科目。

借：稅金及附加

貸：應交稅費——應交土地增值稅

房地產開發企業按規定預繳的土地增值稅，借記”應交稅費——應交土地增值稅“科目，貸記”銀行存款“科目；待房地產轉讓（銷售）收入實現時，再按上述會計處理方法進行處理。開發的房地產項目按規定進行清算，收到退回多繳的土地增值稅時，借記”銀行存款“科目，貸記”應交稅費——應交土地增值稅“科目；補繳土地增值稅時，作相反的會計分錄。